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Gromacs

Gromacs是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。在AutoDL创建实例选择镜像时使用Gromacs镜像,即可创建带有Gromacs软件包的实例。预置的Gromacs已使用CUDA编译,默认将使用GPU加速计算。

以下Gromacs的测试用例(用例来源):

# Step.0: 准备
mkdir test && cd test
wget https://confluence.csuc.cat/download/attachments/29362353/2n6m.pdb

# Step.1: 生成输入文件。这条命令请单独执行,否则会卡住。提示时选择14: GROMOS96 54a7和1:SPC. 
gmx pdb2gmx -f 2n6m.pdb -o esculentin.gro -p esculentin.top -ignh

# Step.2: 设置模拟参数
gmx editconf -f esculentin.gro -o esculenbox.gro -box 5 5 5
gmx solvate -cp esculenbox.gro -o solvated.gro -p esculentin.top

# Step.3: 配置
cat > options.mdp << EOF
integrator      = md
nsteps          = 50000000
nstxout         = 50000
coulombtype     = PME
fourierspacing  = 0.15
tcoupl          = v-rescale
tau-t           = 0.2 0.2
ref-t           = 298.15 298.15
tc-grps         = Protein Non-protein
pcoupl          = berendsen
compressibility = 4.5e-5
tau-p           = 0.2
ref-p           = 1.0
EOF
gmx grompp -f options.mdp -c solvated.gro -p esculentin.top -o esculentin.tpr -maxwarn 100

# Step.4: 运行
gmx mdrun -s esculentin.tpr

附Gromacs安装脚本:

wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2022.2.tar.gz \
    && tar xfz gromacs-2022.2.tar.gz \
    && cd gromacs-2022.2 \
    && mkdir build \
    && cd build \
    && /root/miniconda3/bin/cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_GPU=CUDA -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda \
    && make -j8 && make check && make install \
    && cd ../../ && rm -rf gromacs-* \ 
    && echo "PATH=/usr/local/gromacs/bin/:\$PATH" >> /etc/profile

如果自行编译Gromacs==2022版本请注意不要使用CUDA11.3版本,查看官方解释